СанМар, я тоже озадачивался этим вопросом в связи с аналогичной проблемой (только для 2TSI). 2 звонка в разных МРЭО - надо оформлять. Вопрос в ГАИ через знакомых знакомых - "не надо, но на всякий случай надо иметь справку о замене".
Юридическая служба автосалона, в котором меняли блок цилинров, сказала, что таким документом является заказ-наряд, который мне выдали после ремонта. Правда номера двигателя там нет, т.к. для них это не нужный атрибут, и они вообще не уверены - есть ли номер на новом блоке, или он безномерной.
В общем, я решил не заморачиваться.
Чисто теоретически, сейчас номер двигателя нигде не должен проверяться. Ни при постановке на учет, ни при ТО.