Сняв клемму, Вы обесточите весь авто, всю его электронику. Думаю, что это не есть хорошо. У меня такое было, когда я менял аккумулятор. Но как Вы понимаете, это было кратковременно.
Насчет предохранителя Вам расскажут установщики. Я же полагаю, что сигнадка (или охранная система) должна блокировать какую-то цепь в случае сигнала тревоги. Если в этой цепи стоит нормально разомкнутое реле, то отключение Вашей сиги, заблокирует эту цепь и соответственно Ваше авто. Что там и как может сказать только установщик или предыдущий хозяин.
Если есть время и желание, то можете и самостоятельно покопаться и разобраться. При желании сложного ничего там нет. Геморно только под все эти панельки залезать и искать по проводам.
можете попробовать позвонить в техподдержку производителя сиги