Сегодня получил подтверждение, что программная часть проблемы существует и никуда не делась.
Машина простояла ночь на ручнике. Пришел, запустил, немного погрел (обороты снизились до холостых), нажал тормоз, выключил ручник, включил заднюю передачу, отпустил тормоз.
Машина стартовала с заметным рывком. До замены сцепления это было бы ИГО-ГО. Если бы раньше не столкнулся с различными проявлениями этой проблемы, вероятно, не обратил бы на это внимание. Машина стартовала без подкидывания оборотов когда потухли стопы.
То есть полностью исправное сцепление маскирует недочеты программной части. Когда муфта сцепления начинает отрабатывать команды гидравлики некорректно, начинаются более явные проявления проблемы, я так думаю.
На данный момент с замены сцепления прошло около 700 километров.