Поводом для отказа в гарантийном ремонте может быть только установленная экспертизой связь между изменениями настроек в блоках и выходом чего-либо из строя. Ясен красен, что если человек изменил количество миганий поворотника в комфортном режиме, никто ему в здравом уме предъявлять ни за что не будет даже пытаться. А вот если параметрии и прошивки менял, то могут вполне обоснованно послать, хотя, как известно, даже чип-тюнинг при должном усердии (а также наглости и бесчестности) не является препятствием в гарантийном ремонте двигателя.
з.ы. А вообще, если молишься на гарантию, то и нехрен лазить в машину дальше горловин заправки топлива и омывающей жидкости, либо будь готов бодаться вплоть до суда в случае поломок. Это, конечно, с указанными выше оговорками не кодировок касается, но в целом мысль, думаю, ясна: все действия должны быть осознанными с готовностью отстаивать свои правоту перед дилером, чтоб потом не сидеть на измене и не искать на форуме психологической поддержки.