Ой, как много условий. Чтобы все выполнить, нужно личное знакомство.
Ваша "коробка", на машине, по сути "ручка". Только отличие в том, что сцепление управляется она не вашей ногой, а сервоприводом. Это сильно упрощённо, для того, чтобы вы поняли принцип.
Торможение двигателем, всегда более эффективно, чем просто тормозными механизмами. И экономически, вы экономите колодки, и с точки зрения замедления - на скользкой дороге.
По поводу остановки каких то масс двигателя. Двигатель, под сброс "газа" сам себя останавливает.